Robots PCR Covidwarriors


#1

Aitor Gastaminza / Alex Gasulla / Victoriano Giralt / Ramón Martínez / Ernesto Sánchez

Abstract:
En Febrero se forma COVIDWarriors y proponen traer robots a España para ayudar a hacer PCRs. Primero se dibujan los esquemas de proceso, abrir un GitHub y parametrizar los reservorios que se usarán en cada laboratorio. Se desarrollan funciones para pipetear los reactivos, se crean clases para guardar información de los reactivos y se programan las rutinas. Se realiza una primera versión de plataforma en excel y línea de comandos que permite registrar las muestras y asegurar la trazabilidad. Posteriormente, se realiza una segunda versión en plataforma Django que además permite comunicarse con el robot usando la librería “requests”.

Bio:
COVIDWarriors: es una organización sin ánimo de lucro formada gracias al filántropo y consultor Andreu Veà cuando vio que la pandemia se nos echaba encima allá por Febrero y se puso manos a la obra para intentar ayudar a la sociedad a paliar los efectos del SARS-CoV-2. Aglutina a todo un equipo de más de 400 personas además de haber permitido que la semilla de COVIDWarriors germinara, la cual tiene muchas otras iniciativas.

Aitor Gastaminza: soy un ingeniero de 27 años que se le ocurrió empezar a estudiar python hace 2 años mientras estaba en Australia en un laboratorio de investigación electroquímica. Siempre me habían gustado los coches y quería trabajar en ello, pero sin saber cómo he trabajado en todo tipo de sectores excepto en el automovilístico.

Alex Gasulla: Alex lleva muchos años trabajando en sistemas LIMS en hospitales y ayudando a empresas en el desarrollo de herramientas internas así como webs y ecommerce.

Victoriano Giralt: Director de innovación de la universidad de Málaga estudió Medicina allá por los 80 pero entonces descubrió la tecnología e internet. Lleva programando en Python desde los 90.

Ramón Martínez: se dedica a la consultoría tecnológica, blockchain y seguridad, además de desarrollar un sinfín de proyectos (cada día nos sorprende con algo nuevo). Cuando hizo la mili estuvo en el departamento de desarrollo tecnológico.

Ernesto Sánchez: nuestro pequeño aragonés se dedica como Ramón a la consultoría en seguridad tecnológica, pero también es radioaficionado y es un must en los debates para poner la gente a trabajar.


#2

Gran ejemplo de transformación digital. Enhorabuena.


#3

Muchas gracias por su gran charla, me ha parecido muy enriquecedora ya que diariamente realizo bastantes qPCRs.

Tenía una pregunta, ¿Qué porcentaje de error muestran dichos robots? y si al cometer un error intenta de nuevo pipetear el mismo pocillo o salta al siguiente.

Muchas gracias


#4

Hola Pilar! Gracias a ti por verla :slight_smile:

Uno de los problemas con los que nos hemos encontrado es que el robot no tiene encoders ni sensores, luego no sabría discernir si ha cometido un error al pipetear; saltaría al siguiente pocillo. Para saber que una muestra no se ha extraído bien el RNA, se confía en que el control interno aparezca en el resultado de la termocicladora (si no sale, se considera que el RNA no se ha extraído bien). Errores como tal de que se equivoque de pocillo, estando bien calibrado y programado, de momento no nos hemos encontrado ninguno…

Espero haber respondido a tu pregunta :slight_smile:

Un saludo


#5

¿Creéis que hay otros procesos de análisis en medicina donde se podrían utilizar robots de este tipo para mejorar su eficiencia o flexibilidad? ¿Son más caros y/o lentos que un aparato que hace sólo una cosa?


#6

Totalmente; de hecho se mencionaron algunos hospitales que se podrían usar para otros tipos de test serología para COVID.

Lo que ocurre es que en los hospitales los tests que se hacen suelen ser muy concretos y repetitivos, entonces necesitas de gente preparada para programar, lo cual no es muy común tener a gente preparada para programar.

Respecto a los otros robots comerciales, son muchísimo más baratos, con sus pros y contras. En cuanto a velocidad, la clave está en las dimensiones y las pipetas; hay robots que pipetean las muestras de 48 en 48 o de 96 en 96, frente a estos que como mucho podrían hacer 8. Si se pudieran adaptar pipetas de 96 a estos robots claramente serían mucho más rápidos. Por otro lado, hay una cuestión de espacio; si se dispone de más espacio en la mesa de trabajo del robot, se pueden procesar más muestras a la vez, dado que mientras unas muestras se cultivan durante un tiempo, podrías procesar otras mientras tanto.

Y en cuanto a programación, hay una gran diferencia; los robots comerciales dependen de la casa comercial que los programe y te instalen el programa, con el tiempo que conlleve, frente a estos que los puedes programar y validar en días. :slight_smile: